村の近くに住む子ぎつねのごんはいたずら好きで、よく人間のすることをこっそりのぞいていたのである。ある日、ごんは兵十という若者が川でうなぎを捕まえるのを見つけ、面白半分でそれを盗んでしまった。しかし、そのうなぎは病気の母親のためのものであり、母親はまもなく亡くなってしまう。
自分のいたずらが兵十を深く悲しませたことを知ったごんは、強い後悔におそわれた。そこで、ごんはせめてもの償いとして、栗や松茸をこっそり兵十の家に届け続けるのである。兵十は最初、誰が持ってくるのか分からず不思議に思っていたが、次第に「もしかして、あのごんぎつねではないか」と気づき始めた。
ある日、ごんがまた栗を届けに来たとき、物音に気づいた兵十は敵だと思って鉄砲を撃ってしまう。倒れたごんの姿を見て、兵十は初めて、ごんがずっと贈り物をしてくれていたことを悟るのである。物語は、兵十の気づきと、ごんの最期の姿を静かに描いて終わる。
サツキとメイという姉妹は、病気で入院している母を見舞いやすくするため、父とともに田舎の古い家へ引っ越してくるのである。新しい環境に戸惑いながらも、二人は自然に囲まれた暮らしの中で少しずつ生活に慣れていく。
ある日、メイは庭で見つけた小さな生き物を追いかけるうちに、大きくてふしぎな存在「トトロ」と出会う。トトロは森の主のような不思議な生き物で、少しこわいがどこか温かい雰囲気を持っている存在である。後にサツキもトトロに出会い、姉妹はトトロやネコバスといった不思議な存在と交流しながら、日々の不安や寂しさを乗り越えていくのである。
しかしある日、メイが迷子になり、村中が大騒ぎになる。必死に探すサツキは、最後にトトロに助けを求める。トトロはネコバスを呼び、サツキをメイのもとへ導くのである。姉妹は無事に再会し、母の病気も少しずつ回復に向かう。トトロとの出会いは、二人にとって忘れられない大切な思い出となるのである。